内共生是物种之间的结合，其中一个生活在另一个内部。某些真核细胞的细胞器，例如叶绿体和线粒体，是由它们最初与某些细菌共生而来的。在共生过程中，共生元素占据宿主的细胞内空间。这些样品的一个例子是：虫黄，这是一个物种的藻类的栖息一些珊瑚的细胞。
内共生理论指出，真核细胞具有自身附着于另一种细胞的能力，以维持两者都能受益的共存，因为宿主会喜欢内共生体释放的果实。另一方面，该理论还确认首先进化的细胞器是线粒体，然后通过系列内共生，祖先的真核小体获得了能够进行光合作用的内共生体，该共生体随后将发展出真核细胞器。产生什么是第一个绿藻。
有某些证据表明线粒体和质体是由共生过程产生的，其中之一就是线粒体的大小，这与某些细菌的大小相似。叶绿体和线粒体均由共价闭合的环状双链DNA组成。它们被双层织物覆盖。叶绿体和线粒体通过二元裂变分裂，原核生物也是如此。线粒体和叶绿体中的蛋白质合成都是独立的。
