显微镜的起源被认为是古人知道用水透过弯曲的镜子或玻璃球观看时，可以放大看到小东西。到了17世纪的前几十年，才开始用镜头进行测试，以便获得更大的物体放大率。为此，它们基于第一台使用镜头制成的仪器，该仪器在1609年由伽利略首次用于天文目的的“望远镜”获得了巨大成功。
在20世纪初，它的制造主要集中在德国，随后几年相衬，荧光，全息，干涉，X射线，紫外线，电子和质子方法得到发展。还开发了用于定量，定量和三维分析的计算机显微镜，这些仪器在显微镜领域开辟了许多领域。从1660年至今，光学显微镜一直是研究隐形眼镜的基本支柱。不过，随着镜头质量的提高以及放大倍数的提高，其分辨率会随着时间的推移而提高。
在1930亚微观世界用创建电子显微镜的扩展，其主要区别到光学显微镜是1000倍以上的的倍率相的增加观察到的材料，伴随着更好的分辨能力产生在更好的定义和放大率微观世界。
基本电子显微镜有两种，它们是同时发明的，但它们具有不同的功能，它们是：
- 透射电子显微镜（MET）：它负责将电子投射通过要观察的材料或组织的薄层，从而在磷光屏上反射图像。
- 扫描电子显微镜（SEM）：产生的图像给人以三维感。该显微镜使用三个或两个点到达样品电子，这些电子扫描要观察的样品表面。
生物学中电子显微镜的大多数开拓者仍然活着，最重要的是：阿尔伯特·克劳德，认真的富勒姆，唐·福塞特，查尔斯·勒布朗，约翰·卢夫特，丹尼尔·皮斯，基思·波特和乔治·帕拉德。
